株式会社セガのオンラインゲーム「ファンタシースターオンライン2（PSO2）」において配布されたアップデートプログラムによって、同ゲームとは無関係のファイルが削除される不具合が発生しているとのことです。

• [公式発表]Windows PC版『ファンタシースターオンライン2』アップデートプログラムにてハードディスク内のデータが一部削除される可能性のある不具合について – 株式会社セガ
  

  社内で調査を行った結果、アップデートされた一部プログラムの不具合により、『PSO2』関連でないハードディスク内のデータを削除してしまう場合があることが判明いたしました。ただちにアップデートデータの配布を中止し、プログラムの不具合修正を行っております。
  皆様の大切なデータを削除してしまうという不具合はあってはならないことであり、誠に申し訳ございません。

• セガ，PSO2で発生したHDD内ファイル削除の不具合に対する情報を発表 – 4Gamer.net
• WIN「PSO2」でHDD内のデータが削除される不具合発生 – GAME Watch

公式発表のみ該当箇所を引用しました。

私はプレイしていないゲームなので何とも言えませんが、状況が深刻そうなのでこちらでも紹介しておきます。現在同ゲームのサイトは落ちてしまっているようで開けませんでした。

2013/09/05 21:40追記

以上は昨晩寝る前（2013/09/05 01:11 AM）に記載した内容です。続報として、消えてしまったファイルを取り戻すために必要な情報を別稿にまとめました。